微生物潔凈實驗室裝修的建筑布局和凈化空調系統有密切關系，凈化空調系統既要服從建筑總體布局，建筑布局也要符合凈化空調系統的原則，才能充分發揮相關功能的作用。凈化空調的設計者不僅要了解建筑布局以考慮系統的布置，而且要給建筑布局提出要求，使其符合潔凈室原理。
一.潔凈實驗室裝修設計的平面布局
潔凈室一般包括潔凈區、準潔凈區和輔助區三部分。
微生物潔凈室的平面布置可以有以下幾種方式：
外廊環繞式：外廊可以有窗和無窗，兼作參觀和放置一些設備用，有的在外廊內設值班采暖。外窗必須是雙層密封窗。
內廊式：潔凈室設在外圍，而走廊設在內部，這種走廊的潔凈度級別一般都較高，甚至和潔凈室同級。
兩端式：潔凈區設在一邊，另一邊設準潔凈和輔助用房。
核心式：為了節約用地、縮短管線，可以潔凈區為核心，上下左右被各種輔助用房和隱蔽管道的空間包圍起來，這種方式避開室外氣候對潔凈區的影響，減少了冷熱能耗，利于節能。
二.人身凈化路線
為了在操作中盡量減少人活動產生的污染，人員在進入潔凈區之前，必須更換潔凈服并吹淋、洗澡、消毒。這些措施即“人身凈化”簡稱“人凈”。人凈用房中更換潔凈服的房間應予送風，并對入口側等其他房間保持正壓，對廁所、淋浴保持少許正壓，而廁所、淋浴應保持負壓。
三.物料凈化路線
各種物件在送入潔凈區前必須經過凈化處理，簡稱“物凈”。
物料凈化路線與人凈路線應分開，如果物料與人員只能在同一處進入潔凈室，也必須分門而入，物料并先經過粗凈化處理。
對于生產流水線不強的場合在物料路線中間可設中間庫。
如果生產流水線很強，則采用直通式物料路線，有時還需要在直通路線中間設多次凈化、傳遞設施。在系統設計上，物凈用房的粗凈化和精凈化階段由于會吹落很多生微粒，所以相對潔凈區應保持負壓或零壓，如果污染危險性大則對入口方向也要保持負壓。
四.管線組織
潔凈室的管線非常復雜，所以對這些管線均采用隱蔽組織方式。具體隱蔽組織方式有以下幾種。
 1、技術夾層
（1）頂部技術夾層。在這種夾層內一般因送、回風管的斷面最大，故作為夾層內首先考慮的對象。一般將其安排在夾層的最上方，其下安排電氣管線。當這種夾層的底板可承受一定重量時，可以在上面設置過濾器及排風設備等。
（2）房間技術夾層。這種方式和只有頂部夾層相比，可以減少夾層的布線與高度，可以省去回風管道返回上夾層所需的技術夾道。在下夾道內還可設回風機動力設備配電等，某層潔凈室的上夾道可以兼做上一層的下夾道。
 2、技術夾道（墻）
上下夾層內的水平管線一般都要轉向為豎向管線，這此豎向管線所在的隱蔽空間即技術夾道。技術夾道還可以放置不宜在潔凈室內的一些輔助設備，甚至還可以作為一般回風管道或靜壓箱，有的可安設光管型散熱器。這類技術夾道（墻）由于大多采用輕質隔斷，所以當工藝調整時，可方便地進行調整。
3、技術豎井
如果說技術夾道（墻）往往不越層，則需要越層時即用技術豎井，并且經常作為建筑結構的一部分，具有永久性。由于技術豎井把各層串通起來，為了防火，內部管線安裝完成后，要在層間用耐火極限不低于樓板的材料封閉，檢修工作分層進行，檢修門必須設防火門。不論技術夾層、技術夾道還是技術豎井，當直接兼作風道時，其內表面必須按潔凈室的內表面的要求處理。
五.機房位置
空調機房最好靠近要求送風量大的潔凈室，力求風管的線路最短。但從防止噪聲和振動來說又要求把潔凈室與機房隔開。這兩方面都予以考慮。隔開方式有：
1、構造分離方式。有以下幾種：
（1）沉降縫隔開式。使沉降縫在潔凈室與機房之間通過，起分割作用。
（2）夾壁墻隔開式。如果機房緊靠潔凈室，不是公用一面墻隔墻，而是各自有各自的隔墻，而兩面隔墻之間留有一定寬度的夾縫。
（3）輔助室隔開式。在潔凈室與機房之間設輔助室，起緩沖作用。
2、分散方式。分以下幾種：
（1）屋面上或吊頂上分散方式：現在常把機房設在最上層屋面上的做法，使之遠離下面的潔凈室，但屋面下一層最好設為輔助或管理室層，或者作為技術夾層。
 （2）地下分散式：把機房設于地下室。
3、獨立建筑方式。在潔凈室建筑之外單獨建立機房，但其離潔凈室最好很近。機房要注意隔振、隔音問題，地面應全部做防水處理，并有排水措施。
隔振：應在振源的風機、電機、水泵等的支架、底座作防振處理，甚至有必要的話將設備安在混凝土板塊上，再用防振材料支撐該板塊，該板塊的重量應為設備總重量的2～3倍。
隔聲：除去系統上安裝消聲器外，大型機房可考慮在墻壁上貼附有一定吸聲性能的材料，要裝隔聲門，切忌在與潔凈區的隔墻上開門。
六.安全疏散
由于微生物實驗室潔凈室是密閉性很強的建筑，其安全疏散成為非常重要和突出的問題，和凈化空調系統設置也有密切關系。一般應注意以下幾點：
1、每一生產層防火區或潔凈區至少設2個安全出口，只有面積小于50㎡，人員少于5人時，可允許只設一個安全出口。

2、人凈入口不應作疏散出口。因為人凈路線往往迂回曲折，一旦煙火迷漫，要求人員很快跑到室外是很困難的事。

3、吹淋室不能作為一般出入通道，由于這種門常為兩扇聯鎖或自動，一旦出現故障，非常影響疏散，所以一般均在風淋室設旁通門，工作人員多于5人時必須設此門。平時工作人員出潔凈室時不應走吹淋室而應走旁通門。

4、微生物實驗室潔凈區內各潔凈室的門，考慮到維持室內壓力狀況的需要，其開設方向要朝向壓力大的房間，因為要靠壓力把門壓緊，這顯然和安全疏散的要求相反。為了考慮平時潔凈和緊急疏散時的兩方面要求，規定潔凈區和非潔凈區之間的門、潔凈區與室外的門作為安全疏散門對待，其開啟方向一律朝向疏散方向，當然，單設的安全門也是如此。